Kilisenin tarihçesi oldukça çalkantılıdır. 1924 yılına kadar kilise olarak kullanılan yapı, mübadele sonrası terk edilmiş ve uzun yıllar boş kalmıştır. Bu süre zarfında büyük tahribata uğrayan kilise, 1948-1967 yılları arasında cezaevi olarak kullanılmış ve daha da zarar görmüştür. 1967 yılından 1982 yılına kadar ise terk edilen bina, zamanla yıkılmakla karşı karşıya kalmıştır. Ancak 1982-1988 yılları arasında Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından restore edilen kilise, 1988 yılında müze olarak yeniden hizmete açılmıştır.

Giresun Müzesi, Gogora Kilisesi’nin restore edilmiş haliyle ziyaretçilere açılmıştır. Müzenin içinde eski tunç çağından başlayarak Hitit, Helenistik, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı dönemlerine ait zengin bir koleksiyon bulunmaktadır. Bu koleksiyonda antik eserler, taş kabartmalar, silahlar, giysiler ve tarihi paralar sergilenmektedir.

Müze binası, eski kilisenin avlusunda yer almaktadır ve doğu-batı doğrultusunda dikdörtgen planlıdır. Ana girişi batıya açılan kilisenin kuzey ve güneyinde ise tali girişler bulunmaktadır. Binanın mimari özellikleri arasında kabartma sütun profili, alın kısmı burma sütunçe ve on iki pencereli kasnaklı kubbesi dikkat çekmektedir. İç mekanda ise naos adı verilen en kutsal alan, iki sıra sütunla üç nefe ayrılmıştır. Neflerin üzeri tonozlarla örtülü olup, orta nef yan neflere göre daha geniş ve yüksektir. Her bir nefin ucunda bir apsis bulunmaktadır; orta apsis ise yan apsislere göre daha geniş ve yüksektir.

Müze Müdürlüğüne ait lojman ise restore edilerek idari büro ve lojman olarak kullanılmaktadır. Bu bina, Giresun Müzesi’ne hizmet veren birimlerin faaliyet gösterdiği önemli bir merkezdir.

Gogora Kilisesi ve Giresun Müzesi, Giresun’un tarihî ve kültürel zenginliğini ziyaretçilere yaşatan önemli bir simgedir. Şehir merkezine yaya veya araçla kolayca ulaşılabilen müze, bölgenin kültürel mirasını keşfetmek isteyen herkes için keyifli bir gezi noktasıdır.